Συγχρόνως, η ομάδα του Πανθηραϊκού, που έχασε το τραίνο της ανόδου κυριολεκτικά την τελευταία στιγμή, τερμάτιζε στην δεύτερη θέση και καλούνταν να ετοιμαστεί για την ερχόμενη αγωνιστική περίοδο στην Α’ κατηγορία Κυκλάδων.
Πολλοί ήταν εκείνοι που πίστευαν πως την ερχόμενη σεζόν η ομάδα της Σαντορίνης εύκολα ή δύσκολα θα κατάφερνε να κερδίσει το πρωτάθλημα και ταυτόχρονα την άνοδο. Στο στρατόπεδο ωστόσο των «μπλε» γνώριζαν πως κάτι τέτοιο ήταν αρκετά δύσκολο, παρά την ομολογουμένως εκπληκτική πορεία της προηγούμενης χρονιάς. Η ομάδα αντιμετώπισε αρκετά προβλήματα τη φετινή περίοδο, στα οποία προστέθηκαν οι τραυματισμοί του Ταρτανή (έχασε όλη τη χρονιά) και Δαμίγου (αγωνίστηκε σε ελάχιστα παιχνίδια), καθώς επίσης και η μετακόμιση του Κολιούση στον Πανναξιακό.
Η σεζόν άνοιξε με δυο διαδοχικές προκρίσεις στον θεσμό του Κυπέλλου, απέναντι σε Καρτεράδο και σε Πύργο. Ωστόσο στον τρίτο γύρο ήρθε ο αποκλεισμός από την Θύελλα.
Σε ότι αφορά το πρωτάθλημα, αυτό άρχισε με τους καλύτερους οιωνούς για την ομάδα του κ. Φουστέρη, καθώς στο πρώτο εκτός έδρας παιχνίδι ο Πανθηραϊκός νίκησε την μελλοντική πρωταθλήτρια Άνω Μερά με το επιβλητικό 1-5 μέσα στη Μύκονο. Στη συνέχεια ήρθε το νικηφόρο 6-2 απέναντι στο νεοφώτιστο Φιλώτι, ενώ το 3 στα 3 έγινε απέναντι στη Θύελλα με σκορ 0-1, χάρη στο γκολ του πρώτου σκόρερ της ομάδας Κελίδη.
Από εκεί και πέρα όμως η πορεία της ομάδας δεν ήταν η αναμενόμενη, καθώς στο επόμενο παιχνίδι παραχώρησε ισοπαλία 1-1 απέναντι στον Νηρέα, και μάλιστα εντός έδρας, αποτέλεσμα που στέρησε στην ομάδα την ευκαιρία να εδραιώσει τη θέση της στην κορυφή.
Την ισοπαλία αυτή ακολούθησε ένα σερί τριών ηττών που ουσιαστικά απομάκρυνε την ομάδα από την προνομιούχο πρώτη θέση που οδηγούσε στα μπαράζ ανόδου. Οι ήττες αυτές ήταν από τον Α.Ο Πάρου και τον Α.Ο Πάγου εκτός έδρας, καθώς και από τον Α.Ο Άνω Σύρου εντός έδρας, ματς το οποίο συζητιόταν για αρκετό καιρό και χαρακτηρίστηκε από τα έντονα παράπονα του Πανθηραϊκού για τη διαιτησία.
Επόμενο ματς στη Μήλο κόντρα στον σκληροτράχηλο Παμμηλιακό, από όπου ο Πανθηραϊκός πέρασε με σκορ 0-3. Ήταν αποτέλεσμα που αναπτέρωσε τις ελπίδες της ομάδας για κάτι καλύτερο, ωστόσο η ήττα στο επόμενο παιχνίδι με το Φιλότι αποδείχθηκε καθοριστική.
Από το σημείο αυτό και έπειτα ο Πανθηραϊκός άρχισε να χρησιμοποιεί αρκετούς νεαρούς ποδοσφαιριστές, κοιτώντας κατά κύριο λόγο στο μέλλον. Έτσι τα παιχνίδια του δεύτερου γύρου είχαν αποκτήσει διαφορετικό χαρακτήρα. Η ομάδα του Πανθηραϊκού αναδείχθηκε ισόπαλη με την Άνω Μερά και τον Νηρέα, με σκορ 0-0 και στις δύο αναμετρήσεις. Ακόμη στο δεύτερο γύρο γνώρισε την ήττα από Θύελλα και Άνω Σύρο, ενώ επικράτησε του Α.Ο Πάρου (3-2) και έκλεισε τη χρονιά με νίκες απέναντι στον Παμμηλιακό και τον Πάγο.
Το τέλος ενός πραγματικά δύσκολου πρωταθλήματος, με αρκετές αναβολές παιχνιδιών, βρήκε τον Πανθηραϊκό στην 4η θέση της κατάταξης, έχοντας συγκεντρώσει 24 βαθμούς συνολικά. Αυτό που όπως φαίνεται στοίχισε την φετινή χρονιά για την ομάδα του Πανθηραϊκού, είναι η έλλειψη σταθερότητας που παρουσιάστηκε και είχε ως αποτέλεσμα μετά από σημαντικά αποτελέσματα η ομάδα να κάνει το «στραβοπάτημα» που την έφερνε πίσω στο κυνήγι της κορυφής.
Όλοι πλέον στο στρατόπεδο του Πανθηραϊκού στρέφουν την προσοχή τους στο σχεδιασμό της επόμενης χρονιάς. Βασικός στόχος της ομάδας είναι η ολοένα και αποτελεσματικότερη ενσωμάτωση των νεαρών παικτών στην ανδρική ομάδα. Αυτό έχει ξεκινήσει από την φετινή περίοδο, μιας και σε πολλά παιχνίδια κυρίως του δευτέρου γύρου, υπήρχαν στιγμές όπου οι 8 τουλάχιστον από τους 11 ποδοσφαιριστές της ομάδας ήταν κάτω των 18 ετών.
Αξίζει να αναφέρουμε ότι και η ομάδα νέων του Πανθηραϊκού πραγματοποίησε μια αξιοπρεπή εμφάνιση στο πρωτάθλημα Νέων της Ε.Π.Σ.Κ. Ωστόσο συμμετείχε σε όμιλο με έναν μόνο αντίπαλο, τη Θύελλα Καμαρίου. Μεταξύ των δύο ομάδων διεξήχθησαν μοναχά 2 παιχνίδια, καθώς από τα δυο τελευταία η ομάδα της Θύελλας παραιτήθηκε. Έτσι η έλλειψη επίσημων αναμετρήσεων ήταν εμφανής, όταν η ομάδα του Πανθηραϊκού κλήθηκε να αντιμετωπίσει στον προημιτελικό του θεσμού τον Α.Ο Πάρου. Το πρώτο παιχνίδι μεταξύ των δύο ομάδων ήταν αμφίρροπο και έληξε ισόπαλο χωρίς τέρματα. Στο δεύτερο παιχνίδι που έγινε στην Πάρο, ο Α.Ο.Π ήταν αυτός που επικράτησε με σκορ 4-0 παίρνοντας έτσι δίκαια την πρόκριση στον ημιτελικό της διοργάνωσης.
Έτσι, μετά από μια δύσκολη χρονιά, ποδοσφαιριστές, τεχνικό επιτελείο και διοίκηση του Πανθηραϊκού Α.Ο έχουν ανανεώσει το ραντεβού τους για τον ερχόμενο Αύγουστο, όταν και θα ξεκινήσει η προετοιμασία της ομάδας για την ποδοσφαιρική περίοδο 2012-2013, η οποία θα συνοδευτεί και από αλλαγές στον τρόπο διεξαγωγής τους πρωταθλήματος, καθώς από όσα προκύπτουν θα καταρτιστούν πιθανότατα δύο όμιλοι που θα απαρτίζουν την Α΄ κατηγορία Κυκλάδων.
