Μετά τη Super League, ο Ατρόμητος επικράτησε και στο Κύπελλο Ελλάδας του Παναθηναϊκού, αυτή τη φορά μέσα στη Λεωφόρο. Η ομάδα του Φατίχ Τερίμ προηγήθηκε με τον Αϊτόρ, αλλά δέχθηκε την ανατροπή του σκορ (2-1) και ηττήθηκε στο πρώτο ματς των δυο ομάδων στα τα προημιτελικά της διοργάνωσης.
Άστοχοι οι “πράσινοι”, έχασαν πολλές ευκαιρίες για την ισοπαλία, ενώ ο Ιωαννίδης δεν μπόρεσε να σκοράρει σε εκτέλεση πέναλτι στο 90′, με τον Τσιντώτα να τον νικάει!