Η «Αθλητική Ένωση Ροδίων Αφάντου» ιδρύθηκε το 1946 και αποτέλεσε ιδρυτικό σωματείο της Ε.Π.Σ. Δωδεκανήσου το 1947. Το 1975 κατέκτησε για πρώτη φορά το πρωτάθλημα της Ε.Π.Σ. Δωδεκανήσου και προκρίθηκε στο ειδικό πρωτάθλημα ανόδου όπου συμμετείχε στον 7ο όμιλο και έχασε την ιστορική άνοδο στη Β΄ Εθνική.[5][6]

Το 2005 κατέκτησε εκ νέου το πρωτάθλημα Ε.Π.Σ. Δωδεκανήσου και κέρδισε την άνοδο για πρώτη φορά στην Δ΄ Εθνική, όπου και αγωνίστηκε την περίοδο 2005-06.[7] Το 2007 κατέκτησε για τρίτη φορά το πρωτάθλημα Ε.Π.Σ. Δωδεκανήσου και αγωνίστηκε εκ νέου στην Δ΄ Εθνική, από την περίοδο 2007-08[8] μέχρι και την αγωνιστική περίοδο 2009-10, όπου τερμάτισε 15η στον 8ο όμιλο και υποβιβάστηκε στο τοπικό πρωτάθλημα.[9][10]

Το 2023 αναδείχθηκε πρωταθλήτρια Ε.Π.Σ. Δωδεκανήσου και προκρίθηκε στο ειδικό πρωτάθλημα ανόδου,[11] μέσω του οποίου κέρδισε την άνοδο στην Γ΄ Εθνική.[12]